Q. JANコードは国コード49＋5桁のメーカーコード＋5桁の商品コード＋チェックキャラクタなので、"1"から始まるメーカーコードの商品と重複するように思っています。 新しい雑誌コードと重複しないようなメーカーコードが割り振られているのでしょうか？ また、それはどこが管理しているのでしょうか？

元々、「491～」は日本の出版物を表すフラグとして規定されており、一般企業にメーカコードとして附番されることはありません。
従って、一般流通商品に「491～で始まるJAN-13桁アドオンなし」が存在することはありません。

JAN コードの導入当初は「7桁（『49』＋5桁）のメーカーコード＋5桁の商品コード＋チェックキャラクタ」というフォーマットでしたが、メーカコードが足りなくなる恐れが出てきたため、現在では基本的に「9桁のメーカコード＋3桁のアイテムコード＋チェックキャラクタ」というフォーマットになっております。また、『49』だけでなく『45』も日本に割り当てられております。

JANコードについては、日本では（財）流通システム開発センター内の「流通コードセンター」が一元管理しています。

（財）流通システム開発センター：
http://www.dsri.jp/